ايران مهاجرت كردند . بنا بر نسخه‌اى به خط شيخ بهائى كه در 969 در قزوين نوشته شده است ، وى هنگام ورود به ايران سيزده‌ساله بود ، امّا بعضى منابع به اشتباه او را در اين زمان هفت‌ساله دانسته‌اند . بعضى منابع نسبت عاملى را به آملى تغيير داده و او را ايرانى شمرده‌اند . همچنين بعضى تذكره‌نويسان به دليل اقامت طولانيش در قزوين ، اين محل را زادگاه وى دانسته‌اند . تنكابنى ( ص 238 ) او را متولد عربستان دانسته كه احتمالا به دليل نسب او است . بعد از سه سال اقامت در اصفهان ، شاه‌طهماسب به توصيه و تأكيد شيخ على منشار ، عزّ الدّين حسين را به قزوين دعوت كرد و منصب شيخ الاسلامى اين شهر را به او اعطا نمود و شيخ بهائى نيز همراه پدرش به قزوين آمد و براى مدتى در آنجا اقامت كرد ، و به تحصيل علوم مختلف پرداخت . به نوشتهء خودش در آغاز الاربعون حديثا ، وى در 971 همراه با پدرش در مشهد رضوى بوده است . بعدها پدرش براى مدتى شيخ الاسلام هرات شد ، امّا وى در قزوين ماند و در 979 و 981 اشعارى در اشتياق به ديدار پدر و شهر هرات براى او فرستاد . در 983 نيز كه پدرش به قزوين آمد و براى سفر حج از شاه اجازه خواست ، شاه به او اجازه داد و از همراهى بهاء الدّين عاملى با او ممانعت و او را به ماندن در قزوين و تدريس علوم مكلّف كرد . بهائى پس از مرگ پدرش در 984 ، در بحرين به امر شاه‌طهماسب به هرات رفت و به‌جاى او به شيخ الاسلامى هرات منصوب شد ؛ اين اولين منصب رسمى وى بود . مضمون « ارجوزهء هراتيه » كه آن را در قزوين سروده و از علاقهء وى به هرات حكايت مىكند ، نشان مىدهد كه وى از هرات به قزوين بازگشته بوده است . احتمالا مدت شيخ الاسلامى وى در هرات بسيار كوتاه بوده است ، زيرا پس از وفات پدر همسرش ، شيخ على منشار در همان سال شيخ الاسلام